A lo largo de su trayectoria, el PRD logró avances significativos, consolidándose como una opción viable en el espectro político mexicano. Sin embargo, su historia también fue de escándalos y acusaciones penales contra algunos de sus miembros exponenciando su declive.
Julio César Godoy Toscano, Exdiputado federal por el PRD y medio hermano del exgobernador de Michoacán, Leonel Godoy. En 2009, fue acusado de vínculos con el cártel de La Familia Michoacana y lavado de dinero. A pesar de las acusaciones, asumió su cargo como diputado en 2010, pero posteriormente fue desaforado y se convirtió en prófugo de la justicia. Godoy fue el primer político que enfrentó un desafuero por acusaciones de nextos con el crimen organizado.
José Luis Abarca Velázquez, exalcalde de Iguala, Guerrero. En 2014, fue detenido y acusado de participar en la desaparición de los 43 estudiantes de Ayotzinapa. Actualmente, enfrenta cargos por delincuencia organizada y secuestro.
Rosario Robles Berlanga, llegó ser presidenta nacional del PRD, exjefa de Gobierno del Distrito Federal y exsecretaria de Desarrollo Social durante el gobierno de Enrique Peña Nieto. Aunque en 2019, cuando fue vinculada a proceso por el presunto desvío de recursos públicos en el caso conocido como «La Estafa Maestra», ya se había incorporado al PRI, Robles fue uno de los perfiles más representativos que el PRD llegó a tener entre sus filas. Permaneció en prisión preventiva hasta 2022, cuando fue liberada para continuar su proceso en libertad.
La exdiputada federal del PRD, Azucena Rodríguez, fue detenida en septiembre de 2021, a tan solo días de concluir su periodo legislativo, acusada del homicidio de su expareja, Nicanor Martínez, quien también fue diputado federal y candidato suplente de Morena a la alcaldía de Tihuatlán, Veracruz.
La Fiscalía General del Estado de Veracruz la señaló por homicidio doloso calificado y tentativa de homicidio en agravio de dos personas más. A Rodríguez se le dictó prisión preventiva por un año, durante el cual debía desarrollarse el juicio para determinar su responsabilidad. El PRD calificó su detención como una «persecución política» y exigió su liberación inmediata.
En diciembre de 2024, Pedro Luis Hernández de Paz, alcalde electo de Santo Tomás de los Plátanos, Estado de México, rindió protesta en medio de un operativo de la Fiscalía General de Justicia del Estado de México (FGJEM). Hernández de Paz y su esposa, María del Rosario Matías, actual presidenta municipal, enfrentan órdenes de aprehensión por presuntos nexos con el crimen organizado, específicamente con La Familia Michoacana. Durante la ceremonia, intentos de captura fueron frustrados por la intervención de asistentes, evidenciando la compleja relación entre autoridades y estructuras delictivas en la región.
Este año, estalló un nuevo escándalo. Silvano Aureoles Conejo, exgobernador de Michoacán, se encuentra prófugo de la justicia. En marzo de 2025, cuatro exfuncionarios de su administración fueron detenidos por presunto desvío de recursos destinados a la construcción de cuarteles policiales. Además, se emitió una orden de arresto contra el propio Aureoles.
En las elecciones federales de 2018, el PRD obtuvo el 2.8% de la votación en la elección presidencial, lo que representó uno de los peores resultados en su historia. Esta tendencia continuó en los comicios de 2024, donde el partido registró resultados aún más desalentadores.